Élève d’Edwin Fischer, Paul Badura-Skoda devient très vite son assistant. Il collabore à l’époque avec Wilhelm Furtwängler, Herbert von Karajan, Hermann Scherchen, Josef Krips, Carl Schuricht et Rafael Kubelik. Il se rattache clairement à la tradition viennoise et c’est d’ailleurs avec ses enregistrements du répertoire classique viennois qu’il conquiert le public. Très tôt, dans le but de rendre les oeuvres le plus fidèlement possible, tant dans la forme que dans l’esprit, Paul Badura-Skoda s’engage dans des voies parallèles. Dès 1948, il part à la découverte des instruments anciens. Par ailleurs, parce que beaucoup de textes dont il disposait a l’époque fourmillaient d’erreurs, il entreprend l’étude des manuscrits et des éditions originales. Il retrouve des partitions oubliées, écrit des articles dans les revues specialisées et réalise de nouvelles éditions. Il écrit notamment un ouvrage sur Mozart, traduit dans le monde entier.